Avez vous du mal à réconcilier l'automatisation des laboratoires, la science et l'informatique ?

Écrit par Steven van Helden

Tout commence par une idée simple

Poussé par la science et l'impact que vous pourriez avoir sur l'amélioration de vos processus de R&D, vous vous lancez dans un petit projet d'automatisation sans trop réfléchir plus largement aux conséquences. Et voilà que vous vous retrouvez déboussolé dans le monde de l'automatisation des laboratoires !

Imaginez que vous ayez enfin dans votre laboratoire 2 appareils flambant neufs, reliés par un bras robotisé, pour automatiser vos analyses. Bien sûr, vous avez anticipé et demandé au fabricant de développer des workflows pour que vous puissiez vous lancer immédiatement. Tout le monde se réjouit de l'amélioration de l'efficacité du laboratoire, mais vous savez qu'il y aura encore d'autres choses à venir. Le volume des tests va augmenter grâce à cet investissement et vous souhaitez aller encore plus loin dans l'automatisation. Ne serait-il pas cool que les fichiers de résultats générés par ces deux appareils soient automatiquement transférés sur le réseau commun afin d'être traités dans le LIMS de l'entreprise ? Et que les données finales soient automatiquement chargées dans la base référentielle centrale, de sorte que tout le monde dans l'entreprise puisse accéder facilement à vos données ? Ce serait une belle étape suivante !

Réfléchir aux prochaines étapes

Réseau informatique L'idée semble simple. Mais comment ces systèmes peuvent-ils communiquer entre eux ? Comment puis-je m'assurer qu'il n'y a pas de failles de sécurité dans ces connexions ? Y a-t-il d'autres systèmes dans l'entreprise qui pourraient être concernés ? Vous constatez que le projet ne s'arrête pas au seuil de votre porte. Il y a d'autres parties prenantes comme le service informatique. Qui sont donc ces autres parties prenantes ? Il y a tellement de types d’intervenants différents dans les équipes selon leur spécialisation (ex. gestion des données, informatique de recherche, infrastructure).

Base de données Si ces obstacles techniques et informatiques peuvent être surmontés, vous pouvez à nouveau vous concentrer sur les données scientifiques. Dans ces flux de travail automatisés, vous devez vous assurer que l'annotation se fait correctement afin que les utilisateurs des bases de données comprennent le type de données qu'ils examinent.

Bienvenue dans le domaine des données FAIR !

FAIR Étant donné la diversité et le contenu sans cesse croissants des données de recherche, il est essentiel que ces données soient trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables (FAIR). Vous réfléchissez donc maintenant à l'annotation de vos données et vous vous rendez compte qu'il serait bon de disposer d'un dictionnaire ou, mieux encore, d'une ontologie des types de données que vous souhaitez créer et stocker pour une utilisation future. Il s'agit là encore d'une idée simple, mais une brève discussion avec vos collègues du laboratoire montre que différentes terminologies sont utilisées et que chacun insiste sur le fait que la sienne est la bonne. Peut-être devrez-vous négocier ? Exploration de données

Après la “FAIRification” de vos données, vous êtes enfin prêt pour l’exploration, l’analyse et l'exploitation de vos précieuses données. C'est-à-dire après avoir choisi et installé un logiciel de data mining sophistiqué. C'est peut-être le bon moment pour vous lancer vous aussi dans l'IA ?

J'ai besoin d'aide !

C'est le moment où vous vous sentez peut-être dépassé par les événements. Ce qui a commencé comme une simple idée d'amélioration se transforme en un projet plus important qui englobe plusieurs disciplines dans lesquelles vous n'êtes pas expert. A ce stade, wega peut être votre partenaire, car vous n'avez pas besoin de réinventer la roue. Le groupe "Research Data and Knowledge Management" de wega a une longue expérience avec le processus décrit ci-dessus. Nous connaissons les processus métiers et les fournisseurs de logiciels qui pourraient vous intéresser. Plus tôt nous entrons en jeu, plus vite nous pouvons anticiper tous les obstacles que vous pourriez rencontrer sur votre chemin. Alors, discutons de la manière dont nous pouvons travailler ensemble pour transformer votre idée (pas si) simple en un succès pour votre organisation !