wega virtual breakfast : Le voyage vers les données F.A.I.R.
dans les cas d'application de la R&D clinique
FAIR - Findable, Accessible, Interoperable, Reusable [1]
Date :
18 juin 2020 09:00 - 10:30
Connecte-toi :
Regardez l'intégralité du talk ici.
Horaire :
09:00 - 09:10
Présentation (Daniel Domine, PhD et Christian Wattinger, PhD, wega)
09:10 - 09:35
Talk 1 - Le voyage vers les données F.A.I.R. - Ewa Jermakowicz (Roche)
09:35 - 10:00
Talk 2 : Gestion du cycle de vie des données biomédicales pour le Swiss Personalized Health Network (SPHN) - Prof. Dr Patrick Ruch (HEG/HES-SO Genève et Institut Suisse de Bioinformatique)
10:00 - 10:30
Petit-déjeuner virtuel avec questions-réponses
Résumé
Exposé 1 : Le voyage vers les données FAIR
La F.A.I.R.ness des données est devenue un enjeu stratégique pour de nombreuses entreprises. Mais comment traduire une stratégie en un modèle vivant qui soit durable ?
De petites quantités de données reposent dans des centres de données et ne sont jamais réutilisées en raison d'un manque de repérage, d'accessibilité ou de compréhension de leur contexte. Le défi commence dès le début, lorsque les équipes planifient les données à collecter, et suit leur cycle de vie tout entier.
Pour réussir, nous devons penser de manière globale et mettre en place des mécanismes faciles à suivre afin de garantir que toutes les nouvelles données respectent les principes de la F.A.I.R. Mais que devons-nous faire des données que nous possédons déjà ? Dans cette présentation, vous en apprendrez plus sur le voyage pour rendre les données F.A.I.R. - à la fois respectives et prospectives.
Présentation 2 : Gestion du cycle de vie des données biomédicales pour le Swiss Personalized Health Network
Nous parlerons de la manière dont l'association FAIR est utilisée dans le cadre du Swiss Personalized Health Network (SPHN), une initiative de promotion de la santé personnalisée à l'échelle de la Suisse.
La présentation présente au lecteur les principaux objectifs de BioMedIT, c'est-à-dire l'infrastructure informatique qui soutient l'initiative SPHN.
Nous présentons ensuite la conception des services BioMedIT, en mettant l'accent sur le catalogue des ensembles de données : un ensemble de services permettant de collecter, de rechercher et de récupérer les données générées par SPHN. Nous rendons compte de l'évaluation du moteur de recherche actuel des jeux de données, qui a été testé sur le benchmark BioCADDIE (une grande collection de données).
Nos intervenants :
Ewa Jermakowicz
Ewa Jermakowicz est IT Business Partner au sein du Scientific Decision Support Network chez Roche, qui soutient la biométrie et les activités de développement de produits plus larges.
Elle se concentre actuellement sur les processus et les outils qui soutiennent la FAIRification des données issues des études cliniques.
En tant que responsable informatique, elle met en œuvre une plate-forme qui permet de fusionner les données cliniques avec des biomarqueurs moléculaires, génomiques et numériques pour différents domaines thérapeutiques afin d'exploiter pleinement les données scientifiques de Roche pour soutenir la reverse translation.
Avant d'occuper ce poste, elle a travaillé comme chef de projet informatique et a dirigé un certain nombre de projets mondiaux de plusieurs millions de dollars dans le domaine des données cliniques et réelles. Elle travaille pour l'entreprise depuis 10 ans et possède une expérience antérieure dans une institution financière mondiale.
Patrick Ruch, professeur
Le professeur Patrick Ruch est professeur et directeur de recherche à la HEG/HES-SO Genève (Haute école spécialisée de Suisse occidentale). Il est également chef de groupe et membre du conseil de fondation de l'Institut suisse de bioinformatique (SIB), où il dirige l'Elixir Data Platform (https://elixir-europe.org/platforms/data) pour la curation durable.
Il a obtenu son doctorat en bioinformatique à l'Université de Genève en 2002. Il a ensuite occupé différents postes dans des entreprises et dans la recherche publique en Europe (IBM Zurich Research Lab. ; EPFL Lausanne) et aux États-Unis (National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, MD).
En 2008, il est devenu professeur de sciences de l'information à la HEG de Genève, où il a été nommé directeur de recherche en 2019. Il est l'auteur de plus de 100 publications scientifiques originales dans des revues scientifiques à comité de lecture.
Ses recherches actuelles se concentrent sur le développement de méthodes d'analyse de données pour l'exploitation de types de données hautement structurées et sémantiquement riches (Wikipedia/DBPedia, bases de données de biologie moléculaire, ontologies, endpoints SPARQL, ...) et de contenus non structurés (littérature, séquences, brevets, ...). Actuellement, il est membre du conseil d'administration et co-PI de l'infrastructure BioMedIT, qui héberge les services informatiques pour le Swiss Personalized Health Network.
Sources
[1] https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18